LinkedScales : bases de dados em multiescala

Orientador: André SantanchèTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de ComputaçãoResumo: As ciências biológicas e médicas precisam cada vez mais de abordagens unificadas para a análise de dados, permitindo a exploração da rede de relacionamentos e interações entre elementos. No entanto, dados essenciais estão frequentemente espalhados por um conjunto cada vez maior de fontes com múltiplos níveis de heterogeneidade entre si, tornando a integração cada vez mais complexa. Abordagens de integração existentes geralmente adotam estratégias especializadas e custosas, exigindo a produção de soluções monolíticas para lidar com formatos e esquemas específicos. Para resolver questões de complexidade, essas abordagens adotam soluções pontuais que combinam ferramentas e algoritmos, exigindo adaptações manuais. Abordagens não sistemáticas dificultam a reutilização de tarefas comuns e resultados intermediários, mesmo que esses possam ser úteis em análises futuras. Além disso, é difícil o rastreamento de transformações e demais informações de proveniência, que costumam ser negligenciadas. Este trabalho propõe LinkedScales, um dataspace baseado em múltiplos níveis, projetado para suportar a construção progressiva de visões unificadas de fontes heterogêneas. LinkedScales sistematiza as múltiplas etapas de integração em escalas, partindo de representações brutas (escalas mais baixas), indo gradualmente para estruturas semelhantes a ontologias (escalas mais altas). LinkedScales define um modelo de dados e um processo de integração sistemático e sob demanda, através de transformações em um banco de dados de grafos. Resultados intermediários são encapsulados em escalas reutilizáveis e transformações entre escalas são rastreadas em um grafo de proveniência ortogonal, que conecta objetos entre escalas. Posteriormente, consultas ao dataspace podem considerar objetos nas escalas e o grafo de proveniência ortogonal. Aplicações práticas de LinkedScales são tratadas através de dois estudos de caso, um no domínio da biologia -- abordando um cenário de análise centrada em organismos -- e outro no domínio médico -- com foco em dados de medicina baseada em evidênciasAbstract: Biological and medical sciences increasingly need a unified, network-driven approach for exploring relationships and interactions among data elements. Nevertheless, essential data is frequently scattered across sources with multiple levels of heterogeneity. Existing data integration approaches usually adopt specialized, heavyweight strategies, requiring a costly upfront effort to produce monolithic solutions for handling specific formats and schemas. Furthermore, such ad-hoc strategies hamper the reuse of intermediary integration tasks and outcomes. This work proposes LinkedScales, a multiscale-based dataspace designed to support the progressive construction of a unified view of heterogeneous sources. It departs from raw representations (lower scales) and goes towards ontology-like structures (higher scales). LinkedScales defines a data model and a systematic, gradual integration process via operations over a graph database. Intermediary outcomes are encapsulated as reusable scales, tracking the provenance of inter-scale operations. Later, queries can combine both scale data and orthogonal provenance information. Practical applications of LinkedScales are discussed through two case studies on the biology domain -- addressing an organism-centric analysis scenario -- and the medical domain -- focusing on evidence-based medicine dataDoutoradoCiência da ComputaçãoDoutor em Ciência da Computação141353/2015-5CAPESCNP

Shadows : uma nova forma de representar documentos

Orientador: Claudia Maria Bauzer MedeirosDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de ComputaçãoResumo: Ferramentas de produção de documentos estão cada vez mais acessíveis e sofisticadas, resultando em um crescimento exponencial de documentos cada vez mais complexos, distribuídos e heterogêneos. Isto dificulta os processos de troca, anotação e recuperação de documentos. Enquanto mecanismos de recuperação da informação concentram-se apenas no processamento de características textuais (análise de corpus), estratégias de anotação de documentos procuram concentrar-se em formatos específicos ou exigem que o documento a ser anotado siga padrões de interoperabilidade - definidos por esquemas. Este trabalho apresenta o nosso esforço para lidar com estes problemas, propondo uma solução mais flexível para estes e outros processos. Ao invés de tentar modificar ou converter um documento, ou concentrar-se apenas nas características textuais deste, a estratégia descrita nesta dissertação propõe a elaboração de um descritor intermediário - denominado shadow - que representa e sumariza aspectos e elementos da estrutura e do conteúdo de um documento que sejam relevantes a um dado domínio. Shadows não se restringem à descrição de características textuais de um documento, preservando, por exemplo, a hierarquia entre os elementos e descrevendo outros tipos de artefatos, como artefatos multimídia. Além disto, Shadows podem ser anotados e armazenados em bancos de dados, permitindo consultas sobre a estrutura e conteúdo de documentos, independentemente de formatosAbstract: Document production tools are present everywhere, resulting in an exponential growth of increasingly complex, distributed and heterogeneous documents. This hampers document exchange, as well as their annotation and retrieval. While information retrieval mechanisms concentrate on textual features (corpus analysis), annotation approaches either target specific formats or require that a document follows interoperable standards - defined via schemas. This work presents our effort to handle these problems, providing a more flexible solution. Rather than trying to modify or convert the document itself, or to target only textual characteristics, the strategy described in this work is based on an intermediate descriptor - the document shadow. A shadow represents domain-relevant aspects and elements of both structure and content of a given document. Shadows are not restricted to the description of textual features, but also concern other elements, such as multimedia artifacts. Furthermore, shadows can be stored in a database, thereby supporting queries on document structure and content, regardless document formatsMestradoCiência da ComputaçãoMestre em Ciência da Computaçã